一封被樱花列车延误了十三年的情书，在宇宙与地表之间，以秒速五厘米坠落。
转学生远野贵树与青梅竹马篠原明里因毕业而分隔两地。在那个没有即时通讯的年代，他们依靠书信维系着纤细而坚韧的情感。在一个大雪纷飞的冬天，贵树决定乘坐漫长而缓慢的列车去见明里一面。列车因大雪一再晚点，让少年内心的不安与期待膨胀到极点。当两人在候车室重逢，于枯萎的樱花树下轻轻接吻，他们以为能战胜距离与时间。然而，随着长大成人，当年的情感逐渐被都市的忙碌与宇宙般广阔的孤独稀释。多年后，在铁道路口，贵树与一名女子擦肩而过，列车驶过之后，对面只剩下飘落的樱花。
这部作品将“遗憾”二字演绎得比任何悲剧都更令人心碎。导演用极致的写实美学和细腻的心理独白，精准击中了每一个经历过异地恋或青春暗恋的人。时间的残酷与记忆的美好相互交织，最后一幕电车驶过的长镜头堪称神来之笔。
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